Der Kanton Graubünden erhebt für die beiden Landeskirchen von den juristischen Personen (Aktiengesellschaften, GmbH etc.) eine Kirchensteuer, d.h. Kultussteuer, auf der Gewinn- und Kapitalsteuer. Sie wird den Landeskirchen im Verhältnis der Kirchenzugehörigen zugeteilt (Ende 2012: 54,3 Prozent Katholiken und 45,7 Prozent Reformierte). Im Jahre 2012 betrug die Kultussteuer rund acht Millionen Franken.Die von der jungfreisinnigen Partei eingereichte Initiative „Weniger Steuern für das Gewerbe“ (Kirchensteuerinitiative) will die Kultussteuer der juristischen Personen abschaffen. Überdies soll der Kanton keine Beiträge zur Finanzierung des Kultus an die Kirchen und Religionsgemeinschaften ausrichten dürfen.Die Abschaffung der Kultussteuer hätte nach Ansicht des Regierungsrates für die Landeskirchen gravierende Folgen: Bei der reformierten Landeskirche würde rund ein Drittel, bei der katholischen Landeskirche über 90%  der Einnahmen wegfallen. Mit der Annahme der Initiative wäre ein wesentlicher Teil der kirchlichen Angebote, die sich ausserhalb des Kultusbereichs befinden, nicht mehr finanzierbar. Es handelt sich dabei um soziale, karitative und kulturelle Bereiche, welche die Kirchen für die Allgemeinheit erbringen. Die Regierung will diese Leistungen nicht aufs Spiel setzen.Den einschneidenden finanziellen Folgen für die Landeskirchen stünde gemäss Regierung eine lediglich marginale Entlastung der einzelnen juristischen Personen gegenüber. Überdies sind die grosse Mehrheit der Gewerbetreibenden Selbständigerwerbende in der Rechtsform einer Einzelunternehmung oder einer Personenunternehmung (einfache Gesellschaft, Kollektiv-  oder Kommanditgesellschaft). Die selbständigerwerbenden natürlichen Personen seien  aber von der Kirchensteuerinitiative – entgegen dem Wortlaut der Initiative – nicht betroffen. Deren Annahme würde sie folglich nicht entlasten. Hinzu komme, dass das Bundesgericht die Erhebung der Kirchensteuer von den juristischen Personen schütze und die grosse Mehrheit der Kantone eine solche Steuer ebenfalls kenne. Die Regierung beantragt deshalb dem Grossen Rat, die Kirchensteuerinitiative dem Volk zur Ablehnung zu empfehlen. Der Grosse Rat wird die Initiative in der Oktobersession 2013 beraten.